1943年初, 薛暮桥受陈毅之命, 率领一批知识分子由苏北赶往延安。路过山东八路军115师驻地时, 应中共山东分局书记朱瑞和山东军区司令员罗荣桓之邀，留在山东抗日根据地，薛暮桥与山东大学的缘分也由此开始。1945年8月22日，山东省人民政府委员会举行第一次会议，会议推选薛暮桥任实业厅厅长。并决定，在解放区临沂创设山东大学。在筹划建校招生之初，薛暮桥与黎玉等人即担任山东大学管理委员会委员。

1946年薛暮桥等人在临沂出席山东大学的开学典礼，新四军军长陈毅、山东省人民政府主席黎玉到会讲话。除招收预科学生外，临沂山东大学尚有临时举办的合作、会计、文化、邮政训练班。大学聘请钱俊瑞、薛暮桥、陈沂、张凌青等担任教授。当时全校干部不足100人，机构简单，人员精干，而工作却井井有条，效率很高。包括薛暮桥在内的广大干部在工作中根本没有上班下班、分内分外的界限，都以高度的负责精神完成任务。

1946年4月，为了适应革命和建设的需要，提高学生的科学文化水平，培养更多的人才，山东省人民政府决定将设在苏北解放区淮阴县的华中建设大学的一部分教师学生，并入临沂山东大学。合并后成立政治、经济、教育、文艺四系，薛暮桥任经济系系主任，陈智方任副主任。经济系设政治经济学、中国农村经济、解放区经济政策等课程。经济系下设农林、合作、会计三科，合作专修科公开招收学员50余人，在鲁中沂水县开始上课。不久因解放战争爆发，山东大学8月转移到莒南县汀水镇，10月北上到日照县坪上。

1942年在华中参加整风运动时，薛暮桥曾认真学习了毛泽东的《改造我们的学习》《实践论》和刘少奇的《人为什么犯错误》等著作，写了许多学习笔记，后来加以整理补充，用作在山东大学的讲课教材，即《思想方法和学习方法》。

这本教材从人为什么犯错误、怎样认识客观世界、理论和实践、立场和方法、我们的学习方法、知识分子的思想改造六个方面展开，曾由新华书店出版，后被日本共产党翻译成日文，作为共产党学习的课本，发行数量比国内还要大。薛暮桥晚年认为“此书对青年的思想教育可能还有些用”。